20210629

Contents

1. Working directories
2. Cat Coronavirus
1. 2.1. NCBI Virus
2. 2.2. Feline coronavirus
3. Mafft
4. Edge/extensions
5. RPA
6. HQ
1. 6.1. 此前要求的数据
2. 6.2. 研发合规性，不合规
  1. 6.2.1. 验证实验
    1. 6.2.1.1. RPA
    2. 6.2.1.2. 验证流程

Working directories

Dir='Database'
#
Drive='ht_5T_Backup'; Source="/media/ht/${Drive}/${Dir}/"; Drive='4T_5'; Destination="/media/ht/${Drive}/${Dir}/"; mkdir ${Destination}; rsync -au --update ${Source} ${Destination}
#
Dir='Database'
#
Drive='ht_5T_Backup'; Source="/media/ht/${Drive}/${Dir}/"; Drive='4T_5'; Destination="/media/ht/${Drive}/${Dir}/"; rsync -au --update ${Source} ${Destination}
#
Dir='Database'
#
Drive='ht_5T_Backup'; Source="/media/ht/${Drive}/${Dir}/"
pcmanfm -n ${Source}; mate-terminal --working-directory=${Source}
Drive='4T_5'; Destination="/media/ht/${Drive}/${Dir}/"; pcmanfm -n ${Destination}; mate-terminal --working-directory=${Destination}
#
du ./ -sh; du ./ -sk
#
#######################################################
i='/media/ht/ht_5T/Database/Virus/Herpesvirus/HSV/20210629'; cd ${i}
#

Cat Coronavirus

NCBI Virus

Felinae
Felis catus
NCBI Virus
- Betacoronavirus,%20taxid:694002
- Alphacoronavirus,%20taxid:693996
- Gammacoronavirus,%20taxid:694013
- Feline%20coronavirus,%20taxid:12663

Feline coronavirus

RefSeq genome
- Feline infectious peritonitis virus, complete genome - Nucleotide - NCBI
- Feline infectious peritonitis virus, complete genome

Feline_coronavirus_NCBI_Virus_00100.fasta, 2600, longer than 100 nt
Feline_coronavirus_NCBI_Virus_01000.fasta, 623, longer than 1000 nt
Feline_coronavirus_NCBI_Virus_27000.fasta, 93, longer than 27,000 nt
#
Feline_coronavirus_NCBI_Virus_00100-01000.fasta, 1974
Feline_coronavirus_NCBI_Virus_01000-27000.fasta, 93
#
Feline_coronavirus_NCBI_Virus.fasta, 2773

Feline coronavirus - Nucleotide - NCBI, 2,770 sequences totally

Mafft

Seq=
mafft ${Seq} > ${Seq}.mafft
#
Seq='HSV-2_LNG.fas'
time mafft ${Seq} > ${Seq}.mafft
#
Seq='HSV-1_LNG_Trim.fas'
time mafft ${Seq} > ${Seq}.mafft

Edge/extensions

RPA

HQ

此前要求的数据

TK-3单独使用的质控数据；
HQ2020单独使用的质控数据；
TK-3与HQ2020联用的检测数据以及质控数据。

研发合规性，不合规

研发由2部分独立进行，即检测硬件和验证。其关系是硬件根据验证的输出进行调整。
研发没有立项，缺整体设计。

验证实验

RPA

RPA，6靶标

病毒种类	靶标位置	靶标数量
新馆	orf1ab	2
蝙蝠冠状病毒	orf1ab	2
流感病毒H1	M	1
流感病毒H3	M	1

试剂组成，主要酶类的质控，未确认
假病毒，未确认
RPA反应模板，外包构建质粒。值得说明的是外包质粒入库时，没有质检，仅依据外包公司的质控数据入库。

验证流程

TK-3(气溶胶发生器)产生含质粒或假病毒气溶胶，由HQ2020检测并获得最终结果。
实施试验时，生物安全柜内没有设置湿度计等监控设备。原则上，TK-3的使用处于不受控状态。
TK-3，未做质控。使用经验值。加入溶液量10毫升，含病毒1 x 10⁷ ~ 1 x 10⁹ (1千万-10亿)。
HQ2020灵敏度，未测量。由于TK-3产生气溶胶浓度或数量未确认，目前的检测灵敏度，相当于RPA本身灵敏度。结论，不存在全系统的灵敏度。
在上述验证试验中，假病毒颗粒的检测灵敏度为核酸的1%。可以认为这个差值为经验值，推测没有坚实的记录。
假病毒颗粒的溶液，经qPCR定量，约为1 x 10⁷ ~ 1 x 10⁹ cp/micro-L的水平。DNA模板的浓度与之相当。